1998年10月、安全性の向上を目的に、軽自動車の新たな規格が施行された。この新規格で軽自動車は、全長の100mm延長、全幅８0mm拡大が許される。この新規格化に合わせて各社、ニューモデルを発表。ムーヴもフルモデルチェンジを実施した。

　2代目となったムーヴは、新国内衝突安全基準はもちろん欧州の新衝突安全基準もクリアする安全ボディ「TAF」をはじめ、滑りやすい路面での安全運転をサポートする「DVS」や、デュアルエアバッグ（運転席&助手席）の標準装備などで安全性をアップ。また、クラスを超えた走りと低燃費を実現した新開発エンジンシリーズ「TOPAZ（トパーズ）」で基本性能アップが図られた。

　ラインアップは初代同様、標準モデルであるムーヴと、スポーティーなムーヴカスタムの2シリーズ。標準モデルの開発コンセプトは、「幅広い用途に使えるマルチユースワゴン」。フロントマスクは先代のシャープな印象から一転し、2代目ではソフトなイメージの造形を採用。ボディサイズは新規格に則って、全長は100mm延長され、全幅は80mmワイドに。ホイールベースは60mm延長されて2360mmとなった。サイズ拡大にも関わらず最小回転半径は4.3mで、0.2mの短縮。取り回し性能を引き上げている。テールランプのデザインは先代同様、縦長スタイル。上下寸法を延長し、ダイナミックなイメージとなった。「4ドア＆横開きバックドア」による使い勝手も先代から踏襲した。

　標準モデルのエクステリアはジョルジェット・ジウジアーロが手掛けていた。それだけにスタイリングはモダンで完成度が高かった。ムーヴカスタムは、標準車のスタイリングをベースに、ダイハツの社内デザイナーがディテール処理でスポーティーなイメージに仕立てた。フロントマスクには丸目4灯式のヘッドライトを装着し、フロントグリルは、横基調である標準モデルに対し、カスタムではメッシュデザインを採用した。リアランプ回りは、ルーフレールから連続させた立体形状になり、テールゲートよりも迫り出させているのが特徴。また、ローダウンサスペンションは、ターボユニットを搭載するエアロダウンカスタムに採用した。

　初代ではベース車であるミラと共通だったインパネや室内フロアは、2代目では専用設計に。シートやインパネの低さが車高の高さとマッチしていなかった課題は解消され、2代目は適正ポジションへと進化した。そのうえで、カスタムは、コラムATと足踏み式パーキングブレーキのほか、大型センターアームレスト付き前席ベンチシートを用いたことで、左右ウォークスルーを実現。また、標準モデルのコラム仕様では、前席セパレートシートの間隔を広げ、左右に加えて前後にもウォークスルー可能なインテリアを実現する。リアシートは左右独立リクライニングができ、150mmのスライド機構を装備。さらに、ヘッドレストを装着したままリアシートを畳める左右独立ワンタッチ格納システムを全車に標準化した。ラゲッジ容量の拡大も図っていた。

　搭載エンジンは、直列4気筒DOHC16Vターボ（64ps／10.9kg-m）を筆頭に、直列3気筒DOHC12Vターボ（64ps／10.9kg-m）、直列3気筒DOHC12V＋DVTT〈連続可変バルブタイミング機構〉（58ps／6.5kg-m）、直列3気筒SOHC（45ps／5.6kg-m）。この4タイプのパワーユニットをグレードや仕様に応じて積み分けた。

　4ドア＆横開きバックドアの実用性などを踏襲し、キャビンやラゲッジの使い勝手を大きく向上させた2代目ムーヴ。エクステリアの個性の内に、豊富な魅力を詰め込んだ完成度の高いモデルとなっていた。