日本独自のミニカーのカテゴリーである軽自動車は、1998年10月になると衝突安全性の向上を図る目的の規格改定が実施される。660ccのエンジン排気量はそのままながら、ボディサイズが全長3300×全幅1400×全高2000mmから同3400×1480×2000mmに変更されたのだ。ダイハツ工業は、まず1998年10月にミラ／ムーヴ／テリオスキッドの3車種を新規格に移行させる。そして翌11月になって、オプティを新規格の第2世代に切り替えた。

　ベーシックモデルのミラ、ハイトワゴンのムーヴ、ライトSUVのテリオスキッドというキャラクター付けに対して、2代目オプティは上級軽セダンの特性を強調する。グレード展開は、標準仕様の「オプティ」とスタイリッシュかつスポーティな「オプティビークス」の2タイプで構成。キャッチフレーズには、「It's CLASSLESS」を謳った。

　2代目オプティの最大の特長は、そのボディ形式にあった。軽自動車で初めて4ドアハードトップボディを採用したのだ。短いノッチにトランクを設け、サッシュレスタイプのドアを組み込んだ個性的かつ上質なルックスは、数ある軽自動車の中でも異彩を放つ。また、立派なグリルと丸型異形マルチリフレクターヘッドランプが形作る高品位なフロントマスク、小型のノッチと丸型コンビネーションランプの組み合わせが印象的なリアセクションなども、独特の雰囲気を醸し出した。インテリアも個性や上質感を重視。インパネからドアトリムまでをツートンカラーに仕立てたうえで、フルファブリックのシートやピロー付きの後席、透過照明式のホワイトメーター、クリーンエアフィルター付スクロールエアコン、ダイヤル式ヒーターコントロール、上級オーディオシステム、UVカットグリーンガラスなどを装備した。

　搭載エンジンはEFI（電子制御式燃料噴射装置）やDLI（ディストリビュータレス・イグニッション）、KCS（ノックコントロールシステム）、DDV（ダイレクト駆動バルブ）などを組み込んだ“TOPAZ”シリーズの4タイプを採用。連続可変バルブタイミング機構（DVVT）や先進触媒コンバータ、2-O2センサーシステムなどをセットしたEF-VE型659cc直3DOHC12V（58ps／6.5kg・m）、実用域でのトルク特性と低燃費を重視したEF-SE型659cc直3OHC6V（45ps／5.6kg・m）、大型インタークーラー付きターボチャージャーを備えたEF-DET型659cc直3DOHC12Vターボ（64ps／10.9kg・m）、そしてデュアルフローターボを新採用したJB-DET型659cc直4DOHC16Vターボ（64ps／10.9kg・m）をラインアップする。組み合わせるトランスミッションは5速MTと4速AT、3速AT（EF-SE型）、CVT（EF-VE型）を設定。駆動機構には2WD（FF）と回転差感応式カップリングを内蔵するフルタイム4WDを用意した。

　3BOXボディならではの剛性の高さと、クラス最大級のロングホイールベースおよびワイドトレッドがもたらす快適な乗り心地、そしてオリジナリティあふれる上質なスタイルを実現した2代目オプティ。しかし、販売成績は予想外に振るわなかった。軽乗用車市場の人気は、ハイトワゴン系に集中していたのだ。

　テコ入れ策として開発陣は、初代モデルで人気を博した「クラシック」シリーズを2代目でも展開し、2003年3月にリリースする。エクステリアでは専用のバンパー＆グリル、各種メッキパーツ、メタリック塗装のフルホイールキャップを装着。インテリアには専用表地のシート＆ドアトリムやウッドステアリングホイール、ウッド調センタークラスターなどを組み込んだ。また、ビークスの内外装の意匠も変更し、よりスポーティで上質なイメージを創出する。さらに、グレード展開は「オプティクラシック」と「オプティビークス」の2タイプで構成した。

　上級軽乗用車としての実力を着実に高めていった2代目オプティだが、販売は低調のまま推移する。一方でハイトワゴン系は大いに売り上げを伸ばし、軽自動車市場のメイン車種に発展した。市場の状況を鑑みたダイハツ工業の経営陣は、最終的にオプティの販売中止を決断。2002年7月に生産を止めることとしたのである。