日本独自のミニカーのカテゴリーである軽自動車は、1998年10月に衝突安全性の向上を図る目的の規格改定を実施。ボディサイズが全長3300×全幅1400×全高2000mmから同3400×1480×2000mmに変更される。ダイハツ工業は、即座にミラ／ムーヴ／テリオスキッドの3車種を新規格に移行させた。

　ベーシックモデルに位置するミラ（L700／L710型系）は、“ちょうどいい”カタチとサイズと機能と性能を、きちんと身につけた軽自動車に仕立てることを商品コンセプトに据える。また、“QUALITY〜Safety＆Performance〜”をテーマに品質の向上、とりわけ先進の安全性と快適な走りの実現を目指した。

　第5世代となるミラの基本骨格には、衝突安全ボディの“TAF（Total Advanced Function）”が採用される。これにより新国内衝突安全基準（50km/h前面・後面・側面衝突）および新欧州衝突安全基準（40％オフセット前面衝突、側面衝突）に余裕を持って対応。クラストップレベルの衝突安全性を確保した。また、安全機構としてデュアルSRSエアバッグやABS＆ブレーキアシスト、プリテンショナー＆フォースリミッター付きシートベルト、衝撃感知安全システム、8インチブレーキブースターなどを設定する。

　搭載エンジンはEFI（電子制御式燃料噴射装置）やDLI（ディストリビュータレス・イグニッション）、KCS（ノックコントロールシステム）、DDV（ダイレクト駆動バルブ）などを組み込んだ“TOPAZ”シリーズの3タイプを採用。連続可変バルブタイミング機構（DVVT）や先進触媒コンバータ、2-O2センサーシステムなどをセットしたEF-VE型659cc直3DOHC12V（58ps／6.5kg・m）、実用域でのトルク特性と低燃費を重視したEF-SE型659cc直3OHC6V（45ps／5.6kg・m）、大型インタークーラー付きターボチャージャーを備えたEF-DET型659cc直3DOHC12Vターボ（64ps／10.9kg・m）をラインアップする。組み合わせるトランスミッションは5速MTと4速AT、3速AT、CVT（EF-VE型）を設定。駆動機構には2WD（FF）とフルタイム4WDを用意した。また、専用のEF-VEエンジン（52ps／6.3kg・m）＋ecoCVTのパワートレインを搭載した燃費志向のTVグレードをラインアップ。10・15モード走行燃費はトップクラスの27.0km/Lを実現した。

　エクステリアについては、街乗りを重視したタウンキュービックフォルムをベースに、ベーシック軽らしいシンプルで上質なスタイリングを構築。ボディタイプは3ドアと5ドアの2種類のハッチバックを設定する。インテリアは質感や機能性を最大限に重視。起こしたAピラーや長めのホイールベースなどで開放的な居住空間を演出したうえで、上質なシート表地やリクライニング機構を内蔵した後席（5ドア）、空調スイッチ類を上部にまとめたセンタークラスター、透過照明式のメーター、クリーンエアフィルター付のスクロールエアコン、ダイヤル式のヒーターコントロール、UVカットグリーンガラスなどを装備した。

　1999年3月になると、従来型で設定していたミラ・クラシックの発展版となる「ミラ・ジーノ」を発売する。外装は専用設計したフロントフード＆フェンダーや丸型マルチリフレクターハロゲンヘッドランプ、種々のメッキパーツで質感の高いトラッドスタイルを創出。内装にはウッドステアリングや木目調インパネ、専用ホワイトメーター＆ヒーターコントロールパネル、スエード調シート＆ドアトリム表地などを採用して上質なキャビンに仕立てる。搭載エンジンにはEF-VEとEF-DETの2機種を設定した。

　1999年11月にはシリーズ全車でマイナーチェンジを実施し、新排出ガス規制適合車優遇税制および低燃費自動車優遇税制に適合。併せてDVS（Daihatsu Vehicle Stability control system）のオプション設定の拡充などを実施する。2000年7月にはミラ・ジーノに安全インテリアのSOFIを採用。同年10月には、衝突安全ボディのTAFの進化やミラへのSOFIの組み込み、SRSサイドエアバッグの設定、MT車へのクラッチスタートシステムの導入、内外装デザインの一部変更などを実施した。

　2001年10月になると、“TOPAZ触媒”と称する高性能排出ガス浄化装置を採用。EF-VEエンジン搭載の2WD車は、「超-低排出ガス車」の認定を取得する。また、デュアルSRSエアバッグの改良やハイパワープリテンショナー＆フォースリミッター機構付フロント3点式シートベルトの採用、シート表地の変更、ミラLicca with Happy pappy／ミラTU（バン）／ミラ・ジーノ ミニライトスペシャルターボを新設定。2002年8月には、ミラ・ジーノの内外装の一部変更や装備の追加などを実施。同時に、EJ-VE型989cc直列3気筒DOHC12V・DVVTエンジンを搭載する小型車版のミラ・ジーノ1000を発売した。

　ハイトワゴン系が販売を伸ばす中、ダイハツのベーシック軽として確固たる支持を集め続けた5代目ミラは、2002年12月に全面改良が行われて第6世代のL250／260型系と移行する。一方で地道な人気を誇るクラシック志向のミラ・ジーノは、一部仕様変更を受けながら2004年まで販売された。